Ders 1 – ORPHA kodlama sistemi

ORPHA kodları ve Orphanet Nomenklatürü

Orphanet nomenklatürü yalnızca nadir hastalıkları içermektedir. Avrupa Birliği’nin tanımına göre, nadir bir hastalık, her 10.000 kişide beş kişiden daha azını etkileyen hastalıklardır. Bu tanım, Avrupa Parlamentosu ve Konseyi’nin 16 Aralık 1999 tarihli ve yetim ilaçlarla ilgili düzenlemelerini içeren (Regulation (EC) No 141/2000) yönetmelik ile belirlenmiştir. Bir hastalığın Orphanet nomenklatürüne dahil edilmesi için, bilimsel literatürde en az iki bireysel vaka ile tanımlanmış olması gereklidir; bu, hastalığın homojen klinik sunuma sahip olduğunun doğrulanmasını sağlar.

ORPHA kodları, kullanılan ana terminolojilere otomatik haritalama yoluyla farklı kodlama sistemleri arasında geçişi kolaylaştıracak çeşitli hizmetler ve araçlar aracılığıyla sağlanmaktadır, bu farklı ortamlara ve ihtiyaçlara uyarlanabilir.

*Orphanet, Fransa, Paris’teki Fransız Ulusal Sağlık ve Tıbbi Araştırma Enstitüsü (Inserm) tarafından koordine edilen yaklaşık 40 ülkeden oluşan çok paydaşlı, küresel bir ağdır.

Buradaki başlıklarla ilgili daha fazla bilgi için aşağıdaki videoyu izleyebilirsiniz.

Sadece bir kod değil

Her ORPHA kodu, aşağıdaki slayt gösterisinde gösterildiği gibi geniş kapsamlı bilgiler ile ilişkilidir.

Orphanet Nadir Hastalıklar Sınıflandırması

Orphanet’teki tüm hastalıklar, kapsamlı bir sınıflandırma sistemi içinde düzenlenmiştir. Nadir hastalıkların organize edilmesinde üç seviye kullanılır: grup, hastalık ve alt tür. Hastalık seviyesi, AB’de istatistiksel raporlama için önerilen ana seviyedir. Uygun olduğunda, bazı hastalıkların hastalık seviyesinin altında alt türleri olabilir. Eğer mevcutsa, daha spesifik kodlar kullanılmalıdır. Orphanet’in hiyerarşik sınıflandırma sistemi, alt türlerin istatistiksel amaçlarla hastalık seviyesindeki uygun ORPHA kodunda toplanmasını sağlar. Hastalık seviyesinin üstünde, hastalıkların klinik semptomlara göre gruplandığı “grup” seviyesi yer alır.

Sınıflandırma seviyesi (Aşağıdaki şeklide mavi yuvarlak olarak gösterilen hastalık grubu, yeşil yuvarlak olarak gösterilen hastalık veya mor yuvarlak olarak gösterilen hastalık alt türü) her tanının kesinlik seviyesini yansıtır. Alt türler, yalnızca klinik uygulamada kullanılabilirliklerini veya faydalı olmaları halinde oluşturulur; tanımlayıcı amaçlar için kullanılmaz.

ORPHA kodlama sistemindeki üç sınıflandırma seviyesi

2024 Nomenklatür Paketi’nde, 9583 aktif klinik kategori bulunmaktadır. Bunların 6417’si hastalık, 1032’si alt tür ve 2136’sı grup olarak sınıflandırılmıştır.

Orphanet sınıflandırmasında, tıbbi uzmanlık alanlarına göre oluşturulmuş 33 ana grup vardır.

Aşağıdaki şekil, hastalıkların bu 33 ana gruptan birkaçına nasıl sınıflandırılabileceğini göstermektedir. Kırmızı bir yuvarlak ile işaretlenmiş olan ‘Ehlers-Danlos sendromu’ (ORPHA:98249), heterojen hastalıklardan oluşan bir gruptur ve dört ana grupta sınıflandırılmıştır:

1. Embriyogenez sırasındaki nadir gelişimsel anomaliler.
2. Nadir genetik hastalıklar.
3. Nadir deri hastalıkları.
4. Nadir sistemik ve romatolojik hastalıklar.

Bu gruplar, şekilde mavi renkle vurgulanmış ve sağ tarafta gösterilmiştir.

Sınıflandırma: Bir örnek

Bir bozukluk, ilgili olduğu tıbbi uzmanlıklara göre birden fazla gruba sınıflandırılabilir. Bunun nedeni, birçok nadir hastalığın genellikle farklı organ sistemlerini etkilemesidir. Örneğin, ‘Usher sendromu’ burada dört farklı sınıflandırmada yer almaktadır:

Usher sendromunun tanısı, dört gruba ayrılır. Bu durum, sınıflandırmanın oldukça hiyerarşik olduğunu göstermektedir.

Bir bozukluk veya grup, Orphanet sınıflandırma sistemi içinde “üst gruplara” sahip olabilir. Örneğin, Usher sendromunun aynı sınıflandırma içerisinde bir üst grubu bulunmaktadır:

ORPHA:90642 ‘Sendromik genetik sağırlık’

‘Usher sendromu’ aynı sınıflandırma içinde bir üst gruba sahiptir.

Bir bozukluk farklı gruplarda sınıflandırıldığında, farklı “ortak özelliklere” sahip olabilir. Ancak, her bir grup içinde her zaman “ortak özellikler” korunur.

ORPHAcodes’in Görselleştirilmesi

Örnek: Marfan sendromu

Aşağıdaki resimde gösterildiği üzere, Marfan sendromunun iki alt tipi (mor yuvarlaklar) bulunmaktadır: tip 1 ve 2; ve sekiz farklı gruba (mavi yuvarlaklar) ayrılır. Ayrıca, Marfan sendromunun ait olduğu sınıflandırmaların listesi şeklin sağında gösterilmiştir (toplam 33 ana sınıflandırmadan 7’si). (https://dataviz.orphacode.org/)

Örnek: Marfan sendromu grupları

Aşağıdaki resimde gösterildiği gibi, Marfan sendromu, toplamda 10 bozukluğu (yeşil yuvarlaklar) içeren “Marfan sendromu” ve “Marfan ile ilişkili bozukluklar” grubunun bir parçasıdır. Bu bozukluklardan biri olan Marfan sendromu, kırmızıyla vurgulanmıştır. (https://dataviz.orphacode.org/)

Araştırmalar teşhise yol açamadığında kodlama

Tüm mevcut araştırma yöntemleri tamamlandıktan sonra teşhis konulamayan hastalar için özel bir kod bulunmaktadır: ORPHA:616874 ‘Tam araştırma sonrası teşhis konulamamış nadir hastalık’. Bu özel kod, RD-CODE projesi kapsamında Orphanet nomenklatürüne dahil edilmiştir ve “teşhis konulamamış nadir hastalık hastaları” için kullanılmaktadır.

Bu kod, hastayı tanımlamak amacıyla İnsan Fenotip Ontolojisi (HPO), HGNC gen sembolleri ve HGVS gen varyantı nomenklatürü gibi diğer terminolojilerle birlikte kullanılabilir. Ancak, bu kodun sadece amaçlandığı şekilde kullanılması önemlidir, yani kapsamlı bir araştırma sürecinin ardından teşhis konulamamış hastalar için kullanılmalıdır. Hasta hala incelenirken geçici bir teşhis olarak kullanılmamalı ya da aranan teşhis ORPHA kodlama sistemine henüz dahil edilmemişse bu kod kullanılmamalıdır.

Teşhis konulmamış nadir hastalık hastalarını kodlama

Bu kodun kullanılmasını önermemizin nedeni, teşhis konulmamış olsa bile nadir hastalığa sahip tüm bireylerin sağlık bilgi sistemlerinde tanınmasını sağlamaktır. Nadir hastalığı olan birçok kişi, bilgi eksikliği ve tarama yöntemlerinin yetersizliği nedeniyle teşhiste gecikmeler yaşamaktadır. Teşhis konulmamış hastalar da nadir hastalıktan etkilenen bireylerdir ve toplam hasta popülasyonunun bir parçasını oluştururlar; bu nedenle kayıt altına alınmaları önemlidir.

Hastanın teşhisine uygun bir ORPHA kodu henüz mevcut değilse kodlama

Tanısı bilinen ve daha önce tanımlanmış bir hastalık Orphanet nomenklatürüne henüz dahil edilmemişse, yeni bir ORPHA kodunun oluşturulmasını önermek için ulusal ekibinizle iletişime geçebilirsiniz. Yeni bir ORPHA kodu oluşturulana kadar, hastanın teşhisi geçici olarak ana sınıflamada yer alan grup seviyesi ORPHA kodu ile kodlanabilir. Ancak, bu geçici grup seviyesi kodu, doğru bozukluk seviyesi ORPHA kodu mevcut olduğunda derhal değiştirilmelidir.

Orphanet nomenklatürü nasıl korunur ve güncellenir?

Orphanet nomenklatürü ve sınıflandırması, Orphanet bünyesindeki bilimsel ve tıbbi bir ekip tarafından oluşturulmaktadır. Nomenklatürün ve sınıflandırmanın üretilmesi ve güncellenmesi, en güncel bilimsel literatüre (hakemli dergiler) ve ilgili tıp alanlarından uluslararası uzmanlarla iş birliği içinde oluşturulan prosedürlere dayanmaktadır. Sürekli olarak izlenen kaynaklar, aşağıdaki unsurları tespit etmek içindir:

• Yeni tanımlanan hastalıklar
• Mevcut hastalıkların en güncel verilere dayanarak yapılan adlandırma değişiklikleri
• Uzmanlar arasında sağlanan mutabakatlar doğrultusunda sınıflandırma değişiklikleri

Bir klinik kategori kullanımdan kalkmışsa, artık nadir olarak kabul edilmiyorsa veya başka bir hastalığın parçası olarak değerlendiriliyorsa (kaldırılmışsa), ilgili ORPHA kodu kodlama sisteminde devre dışı bırakılabilir. ORPHA kodları benzersizdir ve izlenebilirliği sağlamak için asla tekrar kullanılmaz.

Bir kod üç nedenle devre dışı bırakılabilir/kaldırılabilir:

1. Kaldırılmış kategori: Bir kod, alandaki bilgi birikiminin gelişmesi sonucunda başka bir tanı kodunun parçası haline geldiğinde kaldırılır. Bu tanısal açıklamalar orpha.net web sitesinden kaldırılır, ancak ad ve kod “taşındı” etiketiyle belirtilir ve tanımlı bir ilişki ile hala geçerli kodlara yönlendirilir.
2. Kullanımdan kalkmış kategori: Genellikle bu durum, isimlendirmede yinelenenlerin tespit edilmesi veya sınıflandırmanın gözden geçirilmesi sonrasında artık yararlı kabul edilmeyen grup seviyesi kategorilerini kapsar. Mümkünse, kullanımdan kalkmış kategori ile aktif bir ORPHA kodu arasında bir ilişki (“başvurulan”) kurulur.
3. Avrupa’da nadir olmayan: Bazı kodlar, güncel epidemiyolojik verilerin Avrupa nadir hastalık tanımıyla (Avrupa Birliği’nde 5:10,000’den az, EC No 141/2000) uyumsuz olması durumunda, bazı kodlar nomenklatürden nomenklatürden çıkarılır.

Kodlama sisteminin geliştirilmesine katkıda bulunmak ve Orphanet’in sahip olması gerektiğini düşündüğünüz bilgileri paylaşmak isterseniz, Orphanet koordinasyon ekibiyle Github üzerinden ya da ülkenizdeki Orphanet Nomenklatür Ulusal Merkezi ile iletişime geçebilirsiniz. İletişim bilgileri, 4. Ders Kaynaklar bölümünde mevcuttur.

Güncelleme sıklığı

Hâlihazırda tanımlanmış 6000’den fazla nadir hastalık bulunmaktadır ve bu alan hızla gelişmekte, sürekli olarak yeni teşhisler eklenmektedir. Orphanet, nomenklatür ve ORPHA kodlarını düzenli olarak günceller ancak Sağlık Bilgi Sistemlerinde (tıbbi kayıtlar ve kayıtlar)  kullanılan kod dosyaları, aşırı yüklenmeyi önlemek amacıyla yılda yalnızca bir kez (temmuz ayında) güncellenir.

Yeni eklenen ve güncellenen ORPHA kodlarının kodlayıcılara sunulmasını sağlamak için her yıl yayımlanan Nomenklatür paketlerinin uygulanması önemlidir.

Not: Orphanet veri tabanındaki kodlama sistemi daha sık güncellendiği için, Sağlık Bilgi Sisteminizde bulunan kodlarla  orpha.net üzerinde gösterilen kodlar arasında farklılıklar olabilir. Çözülmemiş sorunlar hakkında destek almak için Github üzerinden veya ülkenizdeki Orphanet Nomenklatür Ulusal Ekibi ile iletişime geçebilirsiniz. İletişim bilgileri 4. Ders Kaynaklar bölümünde bulunabilir.

ORPHA kodlarının kullanımının faydalarını öğrenmek için bir sonraki derse geçebilirsiniz.